ایزولاسیون بام سبز یکی از مهم ترین قسمت های اجرای پروژه است. ایزولاسیون در واقع به معنای پوشاندن سطح بام برای اجرای روف گاردن می باشد. این عملیات توسط یک یا چند لایه به کمک چند نوع مواد عایق انجام می شود تا از نقوذ آب و یا رطوبت به لایه های زیرین جلوگیری نماید.