مراحل اعتراض به تقاضای ثبت طرح صنعتی در مواد 101 و 102 آیین نامه آمده است. با توجه به ماده 101 آیین نامه، هر شخصی که نسبت به تقاضای ثبت طرح صنعتی اعتراض داشته باشد باید اعتراض خود را در دو نسخه به مرجع ثبت تسلیم نماید. پس از ثبت اعتراض نامه، نسخه دوم آن با قید تاریخ و شماره وصول به معترض مسترد می گردد. اعتراض نامه باید همراه با دلایل و مدارک استنادی و رسید مربوط به پرداخت هزینه رسیدگی به اعتراض باشد. چنانچه پس از بررسی اعتراض نامه و مدارک استنادی، تکمیل مدارک منضم به اعتراض نامه ضرورت داشته باشد، مرجع ثبت با تعیین موارد ، کتباَ از معترض می خواهد که ظرف 30 روز از تاریخ ابلاغ نسبت به رفع نقص اقدام نماید. در غیر این صورت، اعتراض نامه کان لم یکن خواهد شد.
با توجه به تبصره ذیل ماده فوق، مهلت مذکور در این ماده برای اشخاص مقیم خارج از کشور 60 روز می باشد.
همان طور که در ماده 102 آیین نامه آمده است، هر گاه اعتراض معترض مبنی بر ادعای حق مالکیت نسبت به طرح صنعتی ای باشد که اظهارنامه ثبت آن تسلیم مرجع ثبت شده است در صورتی که طرح صنعتی قبلاَ به نام او ثبت نشده است، باید همزمان با اعتراض، برای طرح صنعتی خود مطابق قانون و این آیین نامه تقاضای ثبت کرده و حق ثبت اظهارنامه و حق ثبت طرح صنعتی و تمام مخارج مربوط به آن را تادیه نماید. مرجع ثبت موظف است با رعایت ماده 101 این آیین نامه ، ظرف 10 روز از تاریخ وصول اعتراض نسخه ای از اعتراض نامه را به انضمام رونوشت مدارک و دلایل استنادی به متقاضی ثبت ابلاغ نماید. متقاضی مکلف است از تاریخ ابلاغ اعتراض نامه پاسخ مکتوب خود را ظرف 20 روز نسبت به اعتراض وارده به مرجع ثبت تسلیم نماید. عدم پاسخ متقاضی به ابلاغ در مهلت مقرر به منزله تمکین وی خواهد بود.
هر گاه متقاضی، کتباَ به اعتراض تمکین نماید، درخواست او برای ثبت طرح صنعتی مسترد شده تلقی می گردد و مراتب کتباَ به معترض ابلاغ می شود تا در صورتی که طرح صنعتی وی به ثبت نرسیده باشد، بر طبق اظهارنامه ای که همزمان با اعتراض تسلیم کرده است نسبت به ثبت آن اقدام کند. در صورت عدم تمکین متقاضی، مرجع ثبت مراتب را ظرف 10 روز به معترض ابلاغ کرده و وی از این تاریخ 20 روز مهلت دارد که اعتراض خود را از طریق مرجع ثبت تسلیم کمیسیون موضوع ماده 170 این آیین نامه نماید. همین ترتیب در موردی نیز باید رعایت شود که اعتراض معترض مبنی بر ادعای داشتن برخی حقوق غیر از حق مالکیت ، نسبت به طرح صنعتی ای باشد که اظهارنامه ثبت آن تسلیم مرجع ثبت شده ولی هنوز در ایران به ثبت نرسیده است مگر اینکه طرح صنعتی قانوناَ قابل ثبت نباشد در این فرض نیازی به تسلیم اظهارنامه ثبت طرح صنعتی به مرجع ثبت نخواهد بود. تصمیم کمیسیون طبق ماده 173 این آیین نامه قابل اعتراض در دادگاه صالح مقرر در ماده 59 قانون است.